クスコの他の教会よりも質素なサン フランシスコ教会は、16 世紀と 17 世紀に建てられたもので、1650 年の地震の後も全面的な再建を必要としなかった数少ない教会の 1 つです。植民地時代の宗教画の膨大なコレクションと、美しく彫刻された杉の聖歌隊席があります。
添付の博物館南米最大の絵画が所蔵されていると言われており、その大きさは 9 メートル x 12 メートルで、フランシスコ会の創始者であるアッシジの聖フランチェスコの家系図が描かれています。また、完全に地下にあるわけではない 2 つの納骨堂も不気味な魅力です。内部には人間の骨が収められており、その一部は訪問者に人生のはかなさを思い起こさせるデザインで注意深く配置されています。