ツォンカパ廟の赤い要塞のような構造は、おそらくガンデンで再建された建物の中で最も印象的なものです。白いチョルテン紅衛兵は元の墓とその中に保存されていたツォンカパの遺体の両方を破壊した。回収されたツォンカパの頭蓋骨の破片を収めるために、新しい銀と金の仏塔が建てられた。
正面玄関は、内部に釈迦牟尼礼拝堂がある新しい祈祷堂に通じています。右側の守護礼拝堂は、ゲルク派の 3 人の主な守護者であるチョーゲル (右端)、ドルジェ ジジェ (中央)、ゴンポ (左) の領域です。この礼拝堂には女性は入れません。
階段を上ると、聖なるセルドゥン礼拝堂があります。ここにはツォンカパの葬儀用仏塔があります。この礼拝堂は、インドから空輸されたと言われるヤクのバターの供物で覆われた左奥の石にちなんで、ヤンパチェン・カンと呼ばれることもあります。仏塔の前に座っている像は、ツォンカパとその両脇に立つ二人の弟子です。壁には、葬儀用仏塔を再建したガンデン座主の写真が飾られています。巡礼者は、僧侶が金墨で書き、後に祈りの奉納の際に朗読する奉納碑文を買うために列を作ります。お守りや高品質のお香は礼拝堂の外でも販売されています。