かつてのマヤの神殿の跡地に、1561年に着工し1598年に完成したメリダの巨大で厳粛な大聖堂があります。マヤの神殿の石の一部が建設に使用されました。祭壇の後ろにある巨大な十字架は統一のキリスト（統一のキリスト像）は、スペイン人とマヤ人の和解の象徴です。
南の扉の右側にはトゥトゥル・シューの絵がある。カシクマニの町の（先住民族の酋長）が、トホで同盟者のフランシスコ・デ・モンテホに敬意を表している。（デ・モンテホとシューは共同でココメス族を倒した。シューはキリスト教に改宗し、その子孫は今もメリダに住んでいる。）
祭壇の左側にある小さな礼拝堂には、メリダで最も有名な宗教遺物である「水ぶくれのキリスト(水疱のキリスト像)。地元の伝説によると、この像は雷に打たれた木から彫られたもので、一晩中燃えても黒くならずに残ったそうです。また、イクムルの町の教会が火災で破壊されたときに生き残った唯一の物とも言われています (ただし、熱で黒くなり水疱ができていました)。この像は 1645 年にメリダ大聖堂に移されました。
これらの品々を除けば、大聖堂の内部は大部分が簡素で、メキシコ革命中に反教権運動が最高潮に達したときに怒った農民によってその豪華な装飾が剥ぎ取られてしまった。
