大学のバロック様式の図書館は、コインブラの目玉です。1717年から1728年にかけて建設を後援したジョアン5世にちなんで名付けられたこの図書館は、精巧な天井のフレスコ画と、紫檀、黒檀、ジャカランダの巨大なテーブルで飾られた見事な中央ホールが特徴です。そびえ立つ金箔の中国風の棚には、主に法律、哲学、神学に関する約4万冊の本が収められています。興味深いことに、図書館には本を守るためにコウモリの群れもいます。コウモリは、害を及ぼす可能性のある昆虫を食べます。
図書館への入場は厳しく制限されており、決められた時間にグループで入場する必要があります。チケット購入時に指定された時間に、横のドアから入り、メインホールへの入場を待ちます。待っている間に、図書館の小部屋を覗くことができます。学術刑務所。